Aalto osallistui Seinäjoen seurakunnan kirkon ja seurakuntakeskuksen suunnittelukilpailuun vuonna 1951. Hänen kilpailuehdotuksensa nimi oli ”Lakeuksien risti”.

Toisin kuin muut kilpailuun osallistuneet, Aalto ei sijoittanut seurakunnan tiloja kirkkoon tai pieneen erillisrakennukseen, vaan otti lähtökohdaksi Pohjanmaalla kesäisin järjestettävät suuret, uskonnolliset juhlatilaisuudet. Hän sommitteli kirkon pääjulkisivun eteen suuren, kirkkoa kohti viettävän piazzan, jota seurakuntakeskus rajaa toiselta sivulta. Tämä tilaa vievä ratkaisu ylitti sallitun kilpailualueen rajat, joten tuomaristo ei voinut palkita Aaltoa kilpailussa, mutta lunasti kuitenkin hänen ehdotuksensa ja suositteli sitä toteutuksen pohjaksi.

Aaltoa pyydettiin kehittämään suunnitelmaansa edelleen. Kirkko rakennettiin vuosina 1958-60 ja seurakuntakeskus 1964-66. Kirkko noudatti pääasiassa kilpailusuunnitelmaa, paitsi että Aallon toivoma musta graniitti oli liian kallis julkisivumateriaali. Ainoastaan sivukappeli päällystettiin graniitilla, muu kirkko oli valkoiseksi slammattua tiiltä.

Kokonaisuuden pääpiirteet ovat seuraavanlaiset: pohjoispuolelle on sijoitettu 65 metriä korkea, tyylitellyn ristin muotoinen kellotorni. Se näkyy lakeuksilla kauas, ja on muodostunut kaupungin maamerkiksi. Hieman kiilanmuotoinen kirkkosali on 47 metriä pitkä ja tarjoaa istumapaikat 1400:lle. Sakasti sijaitsee alttarin takana, ja sen ja tornin väliin jää pieni kaste- ja hääkappeli, jonka lasimaalauksen Aalto on suunnitellut. Aalto suunnitteli myös kirkkotekstiilit ja ehtoollisastiat.

Seurakuntakeskus eroaa kilpailuehdotuksesta jonkin verran. Piazzalta laskeutuu avoin portaikko kohti myöhemmin rakennettua kaupungintalon aukiota, ja tämän portaikon molemmilla puolilla sijaitsevat seurakunnan tilat: seurakuntasali, pitopalvelutilat, rippikoululuokka, kerhohuone, toimistotilat sekä henkilökunnan asuintiloja.