Alvar Aalto -museo sijaitsee Jyväsjärveen viettävällä rinteellä. Julkisivut ovat Arabian vaaleaa Halla -tiiltä, korkea betonisokkeli on maalattu valkoiseksi. Vertikaalit lasitetut sauvaklinkkeri-raidat jäsentävät muurimaisia julkisivuja muodostaen reliefin, joka antaa voimakkaan syvyysvaikutelman valon kiillottaessa pinnan. Muurimaisuutta korostavat myös näyttelytilojen kattoikkunoiden pystyrimoitukset, jotka tietystä kulmasta katsottuna saavat ikkunat sulautumaan julkisivuun.

Sisäänkäyntijulkisivu on ikkunaton lukuun ottamatta pieniä ikkunoita ovien läheisyydessä. Massiivisten ovien pinta on kuparia ja ovien vasemmalla puolella on häivähdys marmoria. Kattomaisemaa hallitsevat itään suunnatut kattoikkunat.

Ensimmäisessä kerroksessa sijaitsevat aula- ja vaatetilat, kahvila, museokauppa sekä toimisto- ja varastotiloja. Toisen kerroksen näyttelytila on kooltaan noin 700 m2. Rakennuksen takaosassa on pieni asunto, jossa on toimistotiloja, sekä ateljee, jossa nykyisin toimii museon työpaja URBS.

Alvar Aalto -museon kokonaisala on 1750 m2 ja tilavuus noin 7550 m3. Vuodesta 2023 alkaen Alvar Aalto -museo muodostaa uuden Aalto2-museokeskuksen yhdessä Keski-Suomen museon kanssa.